與另外幾家具有典型特征的鑒定流派的鑒定方式相比，啟功以文史文獻(xiàn)考據(jù)為主要特色的鑒定方式獨(dú)樹一幟。啟功書畫鑒定方法的特點(diǎn)有以下幾點(diǎn)：

　　第一，對“似是而非”的望氣方法的批判最自覺，最強(qiáng)調(diào)書畫鑒定中的“證據(jù)說”。在古代的書畫鑒定理論中敘述的鑒定書畫的方法，一般都以“望氣”或一般的以經(jīng)驗(yàn)式筆墨分析的方法，憑經(jīng)驗(yàn)下結(jié)論，當(dāng)代大多數(shù)鑒定家仍沿用這種傳統(tǒng)的方法。“望氣”的鑒定方法，雖然涉及的是所謂的書畫本身，但感覺的成分還是占主導(dǎo)地位，筆墨風(fēng)格的對比相對抽象，各人有各人的感覺和理解，變化指數(shù)很大，除非是對書畫有很深的造詣，飽覽歷代書畫名跡，對歷代書畫作品進(jìn)行過深刻對比和理解的一流畫家鑒定家才能做到準(zhǔn)確把握，否則，感覺的不確定因素將是筆墨風(fēng)格鑒定法的最大困擾：它無法被證明。因此啟功認(rèn)為在書畫鑒定中最不可靠的就是“似是而非”的望氣，鑒定應(yīng)講求證據(jù)，以文史文獻(xiàn)中確切的事實(shí)、信息為依據(jù)進(jìn)行推理驗(yàn)證，因?yàn)槲氖肺墨I(xiàn)是有記載、有確切根據(jù)的，它的信息比較固定，因此也最可靠。當(dāng)然，文史文獻(xiàn)考證鑒定方法需要大量文史知識的積累，證據(jù)越豐富，結(jié)論更有說服力，有歷史和文獻(xiàn)為證，推理的過程也表現(xiàn)出邏輯力量的強(qiáng)大，具有相當(dāng)?shù)目煽啃?、可知性和科學(xué)性。

　　第二，文史文獻(xiàn)實(shí)證的鑒定方法與通過科技鑒定書畫屬同一邏輯要求，兩種方法在邏輯上最為相通，因此，啟功對高科技鑒定書畫的觀念接受能力最強(qiáng)。除了文史考證的鑒定方法以外，啟功非常認(rèn)同現(xiàn)代科技方法對書畫鑒定帶來的影響和作用。他在《書畫鑒定三議》一文中提到：“鑒定怎樣才更科學(xué)？我個人覺得首先是辯證法的深入掌握。其次是電腦的發(fā)展，必然可以用到書畫鑒定方法的研究上。例如用筆的壓力，行筆習(xí)慣的側(cè)重方向，字的行距，畫的構(gòu)圖以及印章的校對等等，如果通過電腦來比較，自比肉眼和人腦要準(zhǔn)確得多。已知的還有用電腦測試種種圖像的技術(shù)……人的經(jīng)驗(yàn)又可與科學(xué)工具相輔相成。不妨說，人的經(jīng)驗(yàn)是軟件，或說軟件是據(jù)人的經(jīng)驗(yàn)制定的，而工具是硬件，若干不同的軟件方案所得的結(jié)論，再經(jīng)比較，那結(jié)論一定會更科學(xué)。從這個角度說，‘肉眼一觀’、‘人腦一想’，是否‘萬無一失’，自是不言可喻的！” （啟功著《啟功叢稿·題跋卷》，中華書局，1999年7月，第94頁同上）對科學(xué)鑒定方法的認(rèn)同，也從另一個側(cè)面體現(xiàn)了他一貫認(rèn)為的鑒定并不能僅僅憑經(jīng)驗(yàn)，更不可憑空臆測，而必須講求實(shí)證的科學(xué)的鑒定觀念。從今后書畫鑒定會逐漸更多地依靠科技手段的發(fā)展趨勢看，啟功對高科技鑒定書畫的預(yù)測和認(rèn)同，也充分顯示了文史文獻(xiàn)考證的方法在邏輯上最易轉(zhuǎn)向高科技書畫鑒定法的可能性，和他作為大師級人物對所從事的事業(yè)的高瞻遠(yuǎn)矚。

　　第三，啟功鑒定書畫是學(xué)問與書畫鑒定相結(jié)合的典型。啟功鑒定書畫是在深厚的傳統(tǒng)文化基礎(chǔ)上進(jìn)行的，這是一般的鑒定家很難企及的。文物鑒定最終解決的雖然是真?zhèn)螌﹀e的科學(xué)問題，但它的過程卻是和文化、歷史、藝術(shù)、審美等緊緊聯(lián)系。啟功首先是一位學(xué)問家，他對考古發(fā)掘資料、文學(xué)、藝術(shù)史料的研究和學(xué)術(shù)觀點(diǎn)，充分體現(xiàn)在他的書畫鑒定上，表達(dá)在他的許多題跋和題書畫詩上，并判斷哪些是可信的，哪些是不可信的，啟功又是一位教育家、書畫家，以他多年的書畫創(chuàng)作實(shí)踐和教學(xué)積累為基礎(chǔ)，以深厚的文化素養(yǎng)和歷史知識作為書畫鑒定的支撐，因?yàn)檫@許多綜合條件，他才能成為獨(dú)具慧眼的書畫文物鑒定家，成為當(dāng)代書畫鑒定界中文史考證鑒定學(xué)派的代表。

　　啟功自謙地認(rèn)為書畫鑒定于他來說只是文人的“余事”，在書畫鑒定家的行列里只能算一名“小卒”。在啟功所馳騁的各個學(xué)術(shù)領(lǐng)域里，書畫鑒定也許真是如他所說的“余事”，但他所謂的“余事”在書畫鑒定領(lǐng)域里，卻是一塊金字招牌，他并非書畫鑒定家行列里的“小卒”，而是不折不扣的大師。原故宮博物院副院長楊新先生這樣評價啟功：“啟功先生是傳統(tǒng)文化一個時代的總結(jié)，標(biāo)志著一個時代的高峰，他的去世代表著一個時代的結(jié)束……”